В здании Восточно‑Европейского Института психоанализа работает Санкт‑Петербургский Центр психоанализа — крупнейший в России центр профессиональной психоаналитической помощи. Его ежегодно посещают более 5 000 человек, в 18 кабинетах работают 20 специалистов.

В 1997 году Центр был создан на площадке Института как клиническое подразделение (учебно-методический центр), а также тренинговый центр МОО «Евразийская конфедерация психоаналитической психотерапии».

Основные задачи Центра — это внедрение психоаналитической терапии в российскую практику работы с пациентами и проведение со студентами, слушателями и выпускниками Института учебного анализа и супервизирования их практики, т.е. осуществление подготовки квалифицированных специалистов.

Каждый обратившийся за оказанием бесплатной консультативной и психологической помощи из числа участников боевых действий и членов их семей имеет право на 5 бесплатных психологических сессий.